А с чего это у европейцев черноглазые плохими считаются? Да все из-за одного и того же: из-за непохожести. Еще есть мысль, что в основном светлые глаза были у более северных, опять же, чужих, народов.....
Но это - именно про голубые. А что касается зеленых и желтых (даже!) глаз, то они всегда встречались у народов Средиземноморья (сирийцы, палестинцы, ливанцы и т.п.)