При первой выдаче паспорта документы действительно проходят длительную проверку, в т.ч. и через ФСБ (особенно если в трудовом стаже есть запись о допуске к секретным сведениям, например, в период обучения, о работе в госструктурах, службе в вооруженных силах). Повторно, когда ваше личное дело уже есть в соответствующих органах, процесс идет быстрее.